Мир изменился. Привычная размерная жизнь осталась позади. Пять великих селений шиноби уже не те, что прежде. Из всех лишь Коноха сумела отстоять свою свободу. На данный момент деревня Скрытого Листа – единственная мирная и сильная деревня. Все остальные захвачены Акацуками и ниндзя-отступниками. Наибольшую военную мощь приобрело селение Тумана. Так же в Кири сейчас скрывается основная база Акацуки. Их лидер из тени руководит действиями Мизукаге и держит в своей власти и всех жителей, которые об этом даже не догадываются. Деревни стоят на грани войны. Боевые действия в основном ведутся из тени, но только с условием наличия необходимой информации. В этом деле никто не сможет обойтись без специально обученного отряда шпионов, чья главная задача именно тихая добыча сведений. В основном своих разведчиков посылают из Кири в Коноху и наоборот. Дело в том, что в деревне Листа живут два сильнейших джинчурики – Наруто и Киллер Би, необходимых Акацукам для исполнение плана «Глаз луны». В Суне по прежнему остаётся Гаара, который готовит переворот против преступников, захвативших власть над селением Песка. Нии Югито осталась в Кумогакуре, Ягура – в Ивагакуре, Фу и Роши – в Амегакуре, а Хан и Утаката – в Отогакуре. Так пока что поддерживается хрупкое равновесие, установленное расселением джинчурики. Вот только надолго ли?
Весь мир охватила золотая лихорадка. Деревни шиноби стали гнаться за деньгами. Все понимали, что сила и мощь сильно зависят от денег. А в теперешнем положении нельзя допускать халатного отношения ни к одному аспекту. Ведь на кону стоит судьба всего человечества. Успех зависит от всех вместе и от каждого в отдельности. Медлить нельзя, ведь каждая минута может играть на руку противникам.

По мере продвижения игры, сюжет будет дополняться.